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尽管采血卡干血斑技术在生物分析领域取得了巨大的成功，但仍有一些问题需要解答。采血卡干血斑技术在临床研究中使用志愿者的毛细血管血。但是，毛细管血中分析物的浓度可能与静脉血中的浓度不同。例如，据报道，扑热息痛在毛细血管中的浓度相对于静脉血明显更高。在研究MC长期稳定性的研究中，报告了浓度随时间的变化。具体而言，发现头五年的肉碱水平每年增长7.6％，随后每年每年下降1.4％。将DBS应用于代谢谱分析技术时，也需要采取预防措施。据报道，DBS洗脱液中不存在特定的代谢物，包括L-赖氨酸，亚氨基二乙酸，DL-Treo-β-羟基天冬氨酸，柠檬酸，己二酰胺和5一磷酸腺苷，但仍存在于血液和血浆中。此外，在分析通过干血斑提取的分析物时，分析物与MC组分之间的潜在相互作用可能导致MS源中电离的抑制，以及色谱迁移率和峰清晰度的变化。因此，在使用干血斑技术时，必须考虑到干燥和存储过程中血样采集卡片上分析物的稳定性，血细胞比容的影响，斑点的均匀性以及洗脱分析物的效率。
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